兵团第12师的师部驻乌鲁木齐市。全师下辖104团、五一农场、三坪农场、头屯河农场、西山农牧场、221团、222团共7个农牧团场，9个集团公司及学校、医院、农科所等25个团处级单位，57个基层连队，49个城镇社区，308个基层党支部。
除221团位于吐鲁番市、222团位于昌吉州阜康市外，其余5个团场呈扇形环绕于乌鲁木齐市南、西、北面，是乌鲁木齐实施城市南控、北扩、东延、西进的重要战略地带，也是乌鲁木齐市现代服务业集聚区和城市功能优化区；兰新铁路、乌奎高速公路、乌昌大道、城北主干道以及地铁线路贯穿辖区，区位、地缘、交通优势明显。
