目前主流的海水淡化技术主要是反渗透、多级闪蒸和低温多效，其中反渗透运行成本最低，一般吨水耗电4度左右，加上化学品费用约0.5元每吨淡水（与预处理工艺有关），直接运行成本就是这两种，如电费按0.6元每度计，则吨水直接运行成本为2、9元每吨淡水。如再考虑人工、维修、反渗透膜更换等费用，运行成本（不计折旧）一般在3至4元每吨淡水。
海水淡化成本主要有4方面构成：1、设备建造成本；
2、耗费的能源；
3、设备折旧；
4、人工及其他。
要降低海水淡化成本，设备建造成本现阶段不能降低，除非有价格更低新材料能抵抗海水的腐蚀。所以只能从耗费能源方面去着手。合理配置设备零配件，减少额外消耗。选购设计合理的海水淡化设备也能节约不少能源。
