生物学家研究了现代与海马相接近的鱼类为矮烟斗海马。海马和矮烟斗海马大约是在2500万年前开始分别进化。在那时，地壳构造活动使印度洋和太平洋交界处出现了浅水栖息地。在这些浅水区，海草非常的兴旺，而且很快的在周围的环境中繁衍开来，最终形成现在的这种生态环境。因此被认为海马的祖先就是在这里进化。横向游泳的鱼生活在长满海草的海床上不能很好地和周围的环境相融合，很容易被它们的天敌所捕食。而进化中的海马祖先找到一种解决办法：垂直形态游泳，这使得海马完美地融入周围长满海草的生态环境。
