手机上网有剩余流量而扣除上网费可能存在以下原因：
1、剩余流量如果是定向流量，只能用于指定的应用或app，使用第三方应用或软件等情况就会出现产生额外流量费情况；
2、剩余流量有一定的使用范围，如果剩余流量是校园、小区等情况的，那不在相应的小区范围内使用上网也会产生上网费用；
3、如果剩余的流量有特定的手机上网接入点设置要求，设置不正确的情况下也会出现无法使用到此流量而扣话费的情况。
如非以上原因，可联系相应的运营商客服咨询了解。