飞行器设计与工程专业是南京航空航天大学最著名的特色专业，也是历年学校招聘会上最受瞩目的热门专业。南京航空航天大学建有我国直升机技术研究方向唯一的国家级重点实验室“直升机旋翼动力学实验室”，建有国内唯一专门从事航空智能材料与结构研究的航空重点实验室以及CAD中心、结构振动两个部门开放实验室，是我国航空航天科技研究和高层次人才培养的重要基地。飞行器设计与工程专业培养目标为培养具有较好数学、力学基础知识和飞行器工程基本理论及飞行器总体结构设计与强度分析、试验能力，能从事飞行器总体设计、结构设计与研究、结构强度分析与试验，并有从事通用机械设计及制造的高级工程技术人员和研究人员。