《塞尔达传说：时之笛》的故事发生于《塞尔达传说》系列前四个作品之前。海拉尔平原是这个王国的枢纽，接通了海拉尔城和周边的市镇与其他多样的地形。这个世界里住了不同种类的人种：长有尖耳朵的海拉尔人、住在火山洞穴的哥隆族、半鱼人索拉族、居于森林的哥奇利族和强盗谢鲁多族等。游戏开始于主角林克的恶梦，梦中他看见一个男人骑着马，在雷电交加的晚上追击另一匹马上的萨尔达公主。突然，妖精那比把林克由恶梦之中唤醒，并带他到村落的守护神“大迪库树”面前。大迪库树受到咀咒，奄奄一息，林克进入树的内部杀退敌人、解除了咀咒，但始终阻止不了大迪库树枯萎。