细胞质基质是新陈代谢反应的主要场所，而细胞器，如线粒体是有氧呼吸的主要场所，叶绿体是光合作用的主要场所，核糖体是合成蛋白质的主要场所，因此它们是有区别的，但是又相互联系，因为细胞器存在于细胞质基质中。知识拓展；细胞质是细胞质膜包围的除核区外的一切半透明、胶状、颗粒状物质的总称。含水量约80%。细胞质的主要成分为核糖体、贮藏物、多种酶类和中间代谢物、各种营养物和大分子的单体等，少数细菌还有类囊体、羧酶体、气泡或伴孢晶体等。