从生理学解剖看，鱼的排泄器官是一个泄殖腔孔，粪便和尿都从这个孔里走，具体位置在尾鳍的下方。鱼的排泄通常经由消化道排出，鱼是把体内新陈代谢生成的废物先用一根细细的凝胶管子包裹起来，然后再排出体外。但少量的氨以及淡水鱼体内的水则经由鳃孔排出。此外，鱼体部份排泄物如鸟粪嘌呤晶体，则积於皮下。