由于加工条件所限，自制酵素也存在一定风险。在加工时，由于温度、时间控制不一样，菌群的种类和数量略有差别，可能还会产生杂菌、菌群量不够等问题。
在这个过程中，糖和水果中的糖分为密封罐里的细菌提供了养分，将水果中的果胶及所含的有机物、维生素和碳水化合物进行分解，这个过程会产酸、产气，甚至释放出一些甲醇、乙醇，所以有酒精的味道。如果制作过程中不够卫生，霉菌同时大量繁殖，制出来的所谓的水果酵素本身就受到严重的污染、含有毒菌，喝了对人体更加有害无益。
